Saviola fait ses débuts sous le maillot de River Plate dès l'âge de 16 ans, devenant rapidement un buteur prolifique pour le club. Il contribue grandement à l'obtention des titres de championnats d'ouverture et de clôture 1999/2000. Dans le même temps, il est élu meilleur joueur sud-américain de l'année 1999. Âgé d'à peine 18 ans, ce jeune joueur est déjà considéré comme le plus grand espoir du football argentin.
En 2001, âgé de seulement 19 ans, il est transféré au FC Barcelone en Espagne, obtenant par la même occasion la nationalité espagnole. Sous les ordres de l'entraîneur Louis van Gaal, il inscrit 17 buts pour sa première saison sous le maillot catalan. Cependant sa seconde saison démarre poussivement, puisqu'il ne marque que deux fois durant la première partie du championnat. Heureusement la suite est mieux pour lui. Sous les ordres du nouveau manager Radomir Antic, Saviola inscrit 11 buts en deuxième partie de saison. La saison suivante, Frank Rijkaard devient le nouvel entraîneur et Saviola inscrit un nombre honorable de 14 buts. Cependant malgré son nombre élevé de buts, il peine à s'imposer comme titulaire. Il est considéré comme revenant trop cher et l'arrivée de Samuel Eto'o (future star du Barça) le pousse vers la porte de sortie.
Après les JO de 2004 à Athènes, Saviola est prêté à l'AS Monaco. Son arrivée à l'ASM, très médiatisée, fait espérer aux supporters monégasques que Didier Deschamps (entraîneur de l'époque) a trouvé un buteur très prolifique. Malheureusement malgré 17 buts marqués en 41 matchs, Didier Deschamps ne tient pas là un remplaçant à Giuly (partie au Barça) et son positionnement avec une préparation terminée mi septembre ne lui permet pas de gagner un titre.
Ne rentrant toujours pas dans les plans de l'entraîneur Franck Rijkaard, Saviola est de nouveau prêté à l'intersaison 2005, cette fois ci au FC Séville. Il effectue une saison prometteuse et remporte la Coupe UEFA avec ses coéquipiers, ce qui constitue son premier titre en Europe.
Après la coupe du monde 2006, son prêt à Séville touchant à sa fin, il est convoité par de nombreux clubs. Des clubs comme Arsenal ou le PSV Eindhoven se montrent ainsi intéressés.
Mais Saviola décide de rester à Barcelone, où son contrat le lie jusqu'en 2007. Il espère en effet réussir à s'imposer au Camp Nou même si Frank Rijkaard ne compte pas sur lui. Profitant des blessures d'Eto'o et Messi, il retrouve une place de titulaire début 2007 et prouve qu'il n'a pas perdu son sens du but (8 buts en 8 matches en janvier).
Au terme de la saison 2006/2007, Frank Rijkaard, qui cherche à s'attacher les services du lyonanais Éric Abidal, propose un échange avec Saviola. Jean-Michel Aulas refuse, déclarant : "Quand j'ai reçu l'offre, je leur ai demandé s'ils rigolaient" (source : [1]). Saviola arrive en effet en fin de contrat et donc l'OL pourrait très bien le recruter sans avoir à dédommager d'une quelconque manière le Barça.
Saviola est cependant bien désireux de quitter le FC Barcelone, son contrat n'ayant pas été renouvelé par le club blaugrana. Il se met donc en quête d'un nouveau club pour la saison 2007/2008. Après plusieurs contacts et des rumeurs de transferts vers de nombreux clubs, c'est finalement le grand Real qui se décide à l'accueillir.



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